劇情簡介
經過了十個世紀，大約在198X年的某一天，阿特姆施萊德在日本收養了義女唐井(恰巧是天狗施萊德小祿崎的直系血緣傳人)，并傳授了她有關忍者的一切，可能是考慮到地球科技的發展讓他即將可能回到太空，所以他將唐井立為自己的繼承人，并告訴了她自己是外星人的一切真相。隨后跟隨地球上其它逃亡阿特姆的消息，阿特姆施萊德轉戰來到了美國，并且很快擁有了紐約市長頒發的城市金鑰匙，成為紐約最大的資產家，家財萬貫，同時擁有全市最高的大廈，并且控制著整個城市的黑勢力。 同一時間里施萊德殘忍的殺害了身在美國的守護者濱戶良大師，所謂守護者是地球上崇拜并保護阿特姆流亡者的戰士，因為濱戶良在此之前曾經幾次請求討伐過天狗施萊德的五龍忍者裁判所幫忙打敗這名阿特姆施萊德，但是裁判所表示他們只關心被封印起來的天狗，認為這是施萊德個冒牌貨，所以沒有必要與其一般見識。這一情況惹惱了阿特姆施萊德，之后因為朋友的背叛，濱戶良隨阿特姆流亡者們轉移逃離了日本，但終究還是在美國被殺害了。 僥幸逃脫的濱戶良的寵物鼠斯普林特意外的與另外四只烏龜在紐約下水道沾染上了由阿特姆所制作的變異液體，變成了接近人形的變異生物，也就誕生了新一代的忍者神龜，斯普林特開始訓練這些烏龜們濱戶良留下的忍者功夫和知識，希望有朝一日能為自己的主人復仇。2003年的某一天，已經長大并初露鋒芒的忍者神龜們終于遇到了他們的宿敵，施萊德試圖拉攏神龜之一的李奧納多為自己服務，但是慘遭失敗，露出邪惡本性的阿特姆施萊德與神龜們開始了第一戰，最后在斯普林特出手幫助下眾人合力將其擊退。過了一段日子，施萊德展開了復仇，并將李奧打成重傷，在朋友幫助下逃過，休養生息后神龜們返回紐約與施萊德展開第二次較量，最終施萊德被李奧用騰古之劍砍下腦袋，但是我們知道這只是他的機器外殼，而神龜們的代價則是失去了他們的父親:斯普林特的蹤跡……為了尋找失蹤的父親，神龜們結識了阿特姆流亡者一族并且了解了他們的歷史，但是就在這時，施萊德再度出現了，一番大戰后，施萊德露出了他的真面目，眼見阿特姆一族利用傳送門逃離地球，千年的復仇計劃毀于一旦，施萊德氣急敗壞的要與神龜們同歸于盡，而最終神龜們利用傳送門逃生，施萊德則在一片爆炸聲中消失了蹤跡………